BioUML — расширяемая открытая система на языке Java, адаптирующая подход визуального моделирования для формального описания и симуляции сложных биологических систем.
BioUML предоставляет следующие возможности:
- Формальное описание и графическое представление структуры и функций биологических систем
Представление сложных биологических моделей и систем как набора простых диаграмм с различными уровнями детализации. Это обеспечивает наиболее легкое понимание для человека, имеющего базовые знания и начинающего работу в области биологии.
- Мощные инструменты создания, редактирования и просмотра диаграмм, описаний к ним и их компонентам
Наличие подробного описания диаграмм с ссылками на исходные статьи и общедоступные информационные биологические базы данных. Это позволяет пользователю получить широкий спектр дополнительной информации по интересующей теме и изучить больше за короткое время.
- Моделирование, симуляция и анализ динамики биологических систем
Построение, анализ, симуляция сложных биологических моделей и систем, сохранение результатов моделирования в базу данных.
BioUML предоставляет два альтернативных инструмента для симуляции моделей и систем с использованием Java и MATLAB. Оба инструмента прошли 100% семантических тестов SBML.
Автоматическое создание кода для симуляции моделей.
- Различные типы поиска в базе данных
Мощный полнотекстовый поиск, основанный на библиотеке Apache Lucene, предназначенный для построения и поиска индексов.
Усовершенствованный поиск на графе, позволяющий быстро найти все взаимодействия любой из компонент даже в большой базе данных. Результат представляется в виде редактируемого графа.
Быстрый поиск в данных с использованием гибкой системы фильтров.
- Импорт и экспорт
Возможность импорта и экспорта диаграмм, а также их конвертирование из SBML, GinSim, CellML форматов в формат BioUML.
- Удобный редактор формул
- Архитектура на основе плагинов
Архитектура на основе плагинов обеспечивает BioUML расширяемость и возможность беспрепятственной интеграции с другими инструментами для системной биологии. Свободно распространяемая открытая среда разработки BioUML позволяет заказчикам разрабатывать свои собственные плагины и базы модулей, чтобы расширить BioUML для своих нужд.